Si bien existen muchas similitudes, ya que ambas son estrategias de enseñanza y aprendizaje, destinadas a estructurar y sintetizar contenidos a modo de esquema, el mapa conceptual es una técnica más moderna, novedosa y que requiere de mayor esfuerzo y concentración, obligando al estudiante a relacionar en forma más precisa los contenidos.
En ambos se debe conocer bien el material a graficar, por lo cual se exige previa lectura y extracción de ideas principales, pero en el cuadro sinóptico se usan llaves o flechas que engloban contenidos, mientras en el mapa conceptual la relación entre conceptos es más estrecha, pues debe estar explicitada mediante palabras, que vinculan las ideas principales con las accesorias, y a su vez éstas entre sí.
El cuadro sinóptico también exige reflexión para jerarquizar las ideas y relacionarlas, pero en este caso, además, se pide unirlas a través de conceptos que les sirvan de enlace, por lo cual el estudiante que pretenda confeccionar un mapa conceptual debe tener un buen nivel de abstracción y mucha creatividad. Si bien puede comenzarse a trabajar en la elaboración de mapas conceptuales en los últimos años de la escolaridad primaria, se sugiere que hasta el dominio de esta herramienta se lo haga bajo la tutoría del docente.
El cuadro sinóptico si bien puede diferir de uno a otro, no tiene tanta posibilidad de innovación. El mapa conceptual es imposible que sea idéntico entre dos creadores, ya que el toque personal es ineludible, pues las relaciones están supraordenadas, subordinadas o correlacionadas, y no simplemente jerarquizadas. Es imposible elaborar un mapa conceptual correcto, sin un acabado conocimiento del tema. Para un estudio menos profundo se recomienda un cuadro sinóptico, incluso es recomendable primero dominar la confección de cuadros sinópticos para luego comenzar a ejercitar la confección de mapas conceptuales.